Detekce neuropeptidu Y (NPY) se primárně opírá o imunologické metody, včetně enzymového -imunosorbentního testu (ELISA) pro kvantitativní analýzu a imunohistochemie (IHC) pro lokalizaci tkání.
ELISA je běžně používaná metoda pro kvantitativní stanovení hladin NPY v biologických vzorcích, jako je lidské sérum, plazma, tkáňové homogenáty, buněčné lyzáty a supernatanty buněčných kultur. Obvykle využívá princip kompetitivní inhibice: NPY monoklonální protilátky jsou naneseny na mikrodestičku a jsou přidány biotinem-značený antigen i vzorek obsahující cílový antigen. Cílový antigen soutěží se značeným antigenem o vazbu na protilátky. Po promývacím kroku se přidá HRP-značený avidin a substrát TMB za účelem vyvolání barvy; intenzita barvy je nepřímo úměrná koncentraci NPY ve vzorku. Tato metoda nabízí vysokou senzitivitu a specificitu s typickým rozsahem detekce 24,69 pg/ml až 2000 pg/ml a spodním limitem detekce pod 9,59 pg/ml.
IHC se používá k lokalizaci exprese a distribuce NPY v tkáňových řezech. Využitím specifických protilátek k navázání na NPY ve tkáni a využitím chromogenní reakce pro vizualizaci umožňuje tato metoda kvalitativní nebo semi{1}}kvantitativní analýzu exprese NPY v různých tkáních.